一般而言，涉及保理合同纠纷的主要争议集中在以下几点：
1、保理合同的性质，是保理还是借贷？合同的效力，是有效还是无效？以未来应收帐款叙做保理合同的性质与效力问题又是怎么样的？
2、保理合同的管辖，因保理合同的实际履行关涉两个合同和三个主体，那么能否将保理合同（当事人为保理人和应收账款债权人）与保理交易（当事人为应收帐款债权人、保理人、债务人）涉及到的三方当事人一并纳入保理合同的管辖地法院管辖？
3、虚假应收帐款是否影响保理合同的性质与效力？
4、保理人能否直接通知应收帐款债务人？
5、一债多让、又押又转，效力又该当如何？
6、保理人能否向应收帐款债权人与债务人同时主张权利？
7、基础合同如变更，对保理合同的影响又是怎么样的？
以上问题，曾在较长的时间内无法得到规范，但《民法典》颁布后，保理合同作为一种独立的典型合同被立法正式确认，第十六章以九个条文规定了保理合同的若干方面，保理合同的法律关系得到了清晰界定，有力地促进了行业的健康发展。